En realidad, estas dos plataformas de servidores web son funcionalmente equivalentes, todo depende de cuáles sean sus necesidades de alojamiento y con cuál se sienta más cómodo.
Las plataformas difieren en coste, facilidad de uso, versatilidad y estabilidad. Windows cuesta más que Linux.
En Linux se pueden ejecutar scripts escritos en PHP, Perl, Python y otros lenguajes originados en Unix. Normalmente soporta bases de datos MySQL y PostgreSQL.
Ventanas Permite ejecutar scripts ASP y utilizar .NET y otras tecnologías de Microsoft. Es compatible con las bases de datos Microsoft SQL Server y Access.
Si su página web no requiere ningún soporte de scripting, debería elegir alojamiento Linux porque son más económicos. En cambio, si su sitio web necesita soporte para secuencias de comandos y bases de datos, debe elegir la plataforma que admita las tecnologías que utiliza.